ניסוך המים, המצווה נחשבת "הלכה למשה מסיני", התקיימה בתקופת בית המקדש בימי חג הסוכות בכל ימי החג. לפי המנהג, המים נשאבו ממעין הגיחון ליד ירושלים ואותם ניסכו (יצקו) על גג המזבח בצידו הדרום - מערבי אל נקב מיוחד אשר ממנו ירדו המים אל היסודות. המים שנוצקו היו שארית המים המעטים שנותרו מתקופת הקיץ, בכך, הופגן ביטחון ואמונה בקב"ה, בעת הניסוך, מבקשים שפע מי הגשם לחורף הבא, ואז גם נידונים על כמות המים באותה שנה.